なぜ?

 

ピタゴラギャラクシーで遊ぼうと思ったものの、

なぜかピタゴラギャラクシーにアクセスできない。

 

ということで本家のgalaxyで遊んでみたのですが、たくさんエラーが出てしまった…

(ひま)なので、NGS環境もついでに整えながらやってみようかな。

 

https://qiita.com/satoshi1025/items/2834e52eec4c7733f892

https://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/1806/15/news048.html

ピタゴラスイッチ…ではなくピタゴラギャラクシー

 

おいおい…

全然知らなかったぞ…

 

GalaxyなんてNGS解析環境があるんですね。

めっちゃ簡単。

もちろん自分でコマンド打ってカスタマイズできた方がそりゃいいんだろうけど、僕には十分。

てことで、ピタゴラギャラクシーをインストールして早速ネット上に落ちてる有象無象のデータで遊んでみようと思います。

プログラミングの勉強に光が見えてきた

 

引き続きプログラミングの勉強。

Progateではスライドを読んで、その後演習、という形で学習を進めていくんですが、なんとなく性に合わない。プログラミングの勉強ってひたすらトライ&エラーをして進めていく、ってのが王道のようだけど、人によるんじゃないかなあ。特に、僕のようにこだわりの強い人間(ADHDが原因?笑)は頭で理解しないと、そもそも手が動かない。

 

学習の進め方も基本的にスライドというのも少し苦手。スライド単体だと学習内容の階層性が分からないんだと思う。(しゃべりがついていればまだ別だと思う。)

例えば、データ型として数値型だったり、文字列型を最初に学んだずっと後に、新しくリストや辞書っていうのがあるから勉強しよう!って出てくる。この時に、リストや辞書は最初に学んだ数値型や文字列型のようなデータ型の兄弟だと思ってください、とか口頭でフォローがあればいいんだけど、パワーポイントのスライドはそれぞれのスライドの主張が強すぎるので、また新しい高次の概念の勉強だと思ってしまう。(入れ物のようなもの、と言っていて、データ型、という言葉が全く出てこないのも混乱させる理由の一つ。*1

 

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階層性

 

そこでこんがらがっていたんですが、今日、本屋でPhythonの本(しんせつなPhython)立ち読みして、リストや辞書もオブジェクトのデータ型の種類の一つ、ということがやっと分かった。(間違っていたらすいません。)あと、関数やメソッドとオブジェクトの関係性も理解できた。


そういった知識を含めて、学んだ内容を自分なりに階層性を持ってノートにまとめたところ、すっきりと理解できて、手も動き始め、プログラミングの勉強に光が見えてきた。

個人的には具体的ごり押し実践勉強(こういうプログラムを作るのを目標に勉強していきます!)よりも、最初に抽象的で一般的な概念(全体的な学習内容のマップとか、オブジェクトってやつと関数ってやつがあってね、オブジェクトって何?みたいなのは後からやるけど…みたいな感じの抽象的な勉強)から入って、徐々に各論を掘り下げていって最後にまとめて実践っていう形の方があっているように感じる。

 

生意気言ってすいません。笑

*1:もしかしたら普通の人は文脈から分かるのかもしれないんですが、ブログ主はADHDかつアスペなのではっきり言ってもらわないとわからないのです…笑 すいません…

在宅ワークにラジオは合わない

 

在宅ワークもそろそろ終わりが見えてきそうです。

大学の入構制限も解除に向けた動きが始まりました。

 

在宅ワークでは基本的に読み物(や書き物)をするわけですが、書き物はいいとしてとくに読み物をしている間は「中身が入ってきてしまう音楽や会話」は基本的に邪魔です。

実験作業の間は別に中身が入ってきてもいいのでラジオを好んでよく聞くんですけど…。ちなみに、ゴゴモンズ、ファンキーフライデー、ヒッツザタウンを聞くのが僕のルーティーンです。

僕のラジオ好きのきっかけはNACK5の人気パーソナリティ(当時)玉川美沙さん。よく聞いてたなあ~。小学生の頃だったかな?あれから何年たったのでしょう。当時は投稿を数回しておにたまシールをもらいましたが、今は聞く専門です。

 

ともあれ、在宅ワークでラジオから離れてしまっておりとても悲しい…。

今日も今日とて

 

午前の輪読会が終わった後気づいたら2時間ほど眠ってしまっていた…。

 

ちょっとやっぱりPythonモチベが高まっています。かっこいい図を描きてえ…。

今まではExcelですべての図を作っていました。僕のエクセル作図(そしてパワポ作図)は自分で言うのもなんですがかなりのレベルにあり、「それggplot2で書いたの?」とかよく言われます(天才)。

でも、やっぱりホンモンのggplot2でつくったやつとかってかっこいいですよね。それに、僕はこれまでNGSデータとかに縁がなかった人間なのですが、これからはやはりそうとも言ってられないのでやっぱりこういうツールは不可欠なわけです。

(でも、たまにほんとにこの図こんなバイオリンプロット的なものにする意味あんの?とか思ったりする。)

生物系だとやっぱりRがいいのかな?といまさら思ってきたんですが、progateに課金してしまった以上僕はpythonを頑張ります。

 

今日は、amiRNAの設計の仕方を調べています。今落としたい遺伝子、かなり冗長なものがありそう。そんな時はやっぱりamiRNAなんですかね。例えばquadrupleな変異体を作ろうと思ったら多大な時間と労力(特にジェノタイピング)が関わるわけなので、こういうツールは積極的に活かしていきたい。

 

ついついだらけちゃう話

 

タイトルの統一性に早くもつらさを感じてきました。

別に統一しようと思って「~の話」ってしてるわけじゃないんだけど…

2日続けたらやらなきゃいけない気がして…

 

まあそれはそれとしてやっぱり一人で家にいるとだらけちゃいますね。

特に僕は夜型人間なんで昼過ぎまでは頭がボーとして話になりません。

大学だったらまあ実験なり手を動かせばいいんですけど、デスクワークはなあ。

今日も午前中Zoomでミーティングした後は気づかないうちにちょっと寝てました。

困った。。

なんか頭がシャキッとするいい方法ないですかね?

 

BGMにこだわるのもいいかもしれない。

今日はこのプレイリストを聞き始めてから仕事がはかどり始めました。

www.youtube.com

普段はラジオ聞いたりしてるんですけどね…

ちなみにNACK5リスナーです。

 

そういえば、pubmedのアラート来ないんですけど、なんで??